BIOFIRE® FILMARRAY® multiplex PCR sistēma
Pilnībā automatizēta PCR sistēma sindromu testēšanai, kas apvieno paraugu sagatavošanu, amplifikāciju, noteikšanu un analīzi.
Automatizēta in vitro diagnostikas (CE-IVD) sistēma, kurā izmanto kopējo mērķa sekvences pavairojošo multipleksu PCR (nested multiplex PCR). Iegūtie PCR produkti tālāk tiek analizēti, izmantojot DNS augstas izšķirtspējas kušanas līknes analīzi, kur DNS tiek iezīmēta ar LCGreen® Plus krāsvielu, lai noteiktu un identificētu vienlaicīgi vairākus nukleīnskābju mērķus klīniskajos paraugos. Sistēmas lietotājs klīnisko paraugu ievieto cietā vienreizlietojamas plastmasas iepakojumā - reaģentu maisiņā, ievieto maisu sistēmas instrumentā un sāk testu. Sistēma, mijiedarbojoties ar reaģentu maisiņu, no parauga izdala nukleīnskābes un specifiski pavairo patogēnu DNS mērķa sekvenci, kas tiek atlasītas un pārbaudītas. Iegūtie rezultāti automātiski tiek apstrādāti un uzrādīti programmatūras analīzes atskaitē.
Sistēma var sastāvēt no viena līdz astoņiem instrumentiem, kas ir savienoti ar datoru ar instalētu programmu. Programma kontrolē visas instrumentu funkcijas, apkopo, analizē un uzglabā datus, kas iegūti, izmantojot katru instrumentu. Vienas vienības svars līdz 9.5 kg. Izmēri nepārsniedz 26 x 40 x 17 cm, komplektā ar svītru kodu lasītāju.
Sistēma ir saderīga ar sindromu paneļu testiem. Testu iepakojums (maisiņš) ir pašpietiekama slēgta vienreizlietojama sistēma, kurā atrodas visi reaģenti, kas ir vajadzīgi, lai no parauga izdalītu, amplificētu un noteiktu mērķa nukleīnskābes. Rezervuāri sastāv no cietas plastmasas iepakojuma (maisa) ar nodalījumiem un stiprinājumiem, kuri satur liofilizētus reaģentus. Elastīgā plastmasas plēves daļa no maisiņa ir sadalīta atsevišķos segmentos, kas, mijiedarbojoties ar izpildmehānismiem un sistēmas sensoriem, nodrošina šādus ķīmiskus procesus:
1) nukleīnskābju izdalīšanu un attīrīšanu no neapstrādāta parauga, izmantojot mehānisko lizi ar lodītēm un magnētisko lodīšu tehnoloģiju
2) pirmās pakāpes multipleksa PCR (ieskaitot mērķa RNS reverso transkripciju) un otra posma PCR
3) amplificētu produktu kušanas analīzi daudzligzdu nodalījumā
Katrā sindromu paneļu iepakojumā (maisiņā) ir jābūt vismaz vienai iekšējai procesa kontrolei. Kontroles materiāls ir lizēts, un NS tiek izdalītas kopā ar paraugu materiālu. Ja iekšējā kontrole ir pozitīva, tas ir pierādījums pareizai sistēmas darbībai un ticamu rezultātu ieguvei. Vakuums maisiņā nodrošina, ka maisā tiek ievilkts pareizais hidratācijas šķīduma un parauga daudzums. Sistēmai jābūt kalibrētai rūpnīcā. Sistēmas optikas pareizu darbību un kalibrēšanu kontrolē sistēmas paštestēšana un sindromu paneļu iepakojuma (maisiņā) kontroles reakcijas.
Testa sagatavošanas laiks ir ap 2 minūtēm, nav nepieciešams specifiski mērīt pipetēšanas precizitāti. Analīzes izpildes laiks apmēram 1 stunda. Saderīgiem testiem jānosaka dažādus patogēnus, kas izraisa elpošanas, asinsrites, kuņģa-zarnu trakta infekcijas un meningīta-encefalīta, kā arī pretmikrobu rezistences gēnus un īpaši bīstamas infekcijas.
- Asins kultūru paraugu identifikācijas tests ar vismaz 24 patogēniem un 3 antibiotiku rezistences gēniem, kas saistīti ar asinsrites infekcijām. Vienlaikus nosaka patogēnus: Enterococcusd, Listeria monocytogenes, Staphylococcusd, Staphylococcus aureus
Streptococcusd,Streptococcus agalactiae (Group B), Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes (Group A), Gram-Negative, Acinetobacter baumannii, Enterobacteriaceaed, Enterobacter cloacae complex,Escherichia coli, Klebsiella oxytoca, Klebsiella pneumoniae, Proteusd, Serratia marcescens, Haemophilus influenzae, Neisseria meningitidis, Pseudomonas aeruginosa, Yeast, Candida albicans, Candida glabrata, Candida krusei, Candida parapsilosis, Candida tropicalis.
Parauga veids: Pozitīvā asins kultūra, parauga tilpums līdz 200 μl, sagatavošanas roku darbs apm. 2 minūtes, analīzes izpildes laiks apmēram 1 stunda. Testu glabāšanas režīms istabas temperatūrā. - Meningīta /encefalīta tests vienlaicīgai 14 mērķu noteikšanai vienā CSF paraugā. Vienlaicīgi jānosaka patogēnus: Escherichia coli K1, Haemophilus influenzae, Listeria monocytogenes, Neisseria meningitidis, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae, Cytomegalovirus (CMV), Enterovirus, Herpes simplex virus 1 (HSV-1), Herpes simplex virus 2 (HSV-2), Human herpes virus 6 (HHV-6), Human parechovirus, Varicella zoster virus (VZV), Cryptococcus neoformans/gattii.
Parauga veids: CSF, parauga tilpums līdz 200 μl, sagatavošanas roku darbs apm. 2 minūtes, analīzes izpildes laiks apmēram 1 stunda. Testu glabāšanas režīms istabas temperatūrā. - Kuņģa-zarnu trakta (GI) paneļu tests visbiežāk sastopamajiem kuņģa-zarnu trakta patogēniem, tajā skaitā vīrusiem, baktērijām un parazītiem, kas izraisa infekciozu caureju un citus kuņģa un zarnu trakta simptomus. Panelis vienlaicīgai 22 mērķu noteikšanai vienā paraugā. Vienlaicīgi jānosaka patogēnus: Campylobacter (jejuni, coli & upsaliensis), Clostridium difficile (Toxin A/B), Plesiomonas shigelloides, Salmonella, Yersinia enterocolitica, Vibrio (parahaemolyticus, vulnificus, & cholerae), Vibrio cholerae, E. coli O157, Enteroaggregative E. coli (EAEC), Enteropathogenic E. coli (EPEC), Enterotoxigenic E. coli (ETEC) lt/st, Shiga-like toxin-producing E. coli (STEC) stx1/stx2 E. coli O157, Shigella/Enteroinvasive E. coli (EIEC), Adenovirus F 40/41 Astrovirus, Norovirus GI/GII, Rotavirus A, Sapovirus (I,II, IV, and V), Cryptosporidium, Cyclospora cayetanensis, Entamoeba histolytica, Giardia lamblia.
Parauga veids: Izkārnījumu (stool) tilpums līdz 200 μl, sagatavošanas roku darbs apm. 2 minūtes, analīzes izpildes laiks apmēram 1 stunda. Testu glabāšanas režīms istabas temperatūrā. - Respiratoro paneļu tests (versija RP2) vairāku elpošanas ceļu vīrusu un baktēriju vienlaicīgai noteikšanai nukleīnskābes nazofaringālā uztriepē (NPS). Vienlaikus nosaka 21 patogēnus: Adenovirus, Coronavirus HKU1, Coronavirus NL63, Coronavirus 229E, Coronavirus OC43, Human Metapneumovirus, Human Rhinovirus/Enterovirus, Influenza A, Influenza A/H1, Influenza A/H3, Influenza A/H1-2009, Influenza B, Parainfluenza Virus 1, Parainfluenza Virus 2, Parainfluenza Virus 3, Parainfluenza Virus 4, Respiratory Syncytial Virus, Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis, Chlamydia pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae.
Parauga veids: nazofaringāla uztriepe (NPS), tilpums līdz 300 μl, sagatavošanas roku darbs apm. 2 minūtes, analīzes izpildes laiks apmēram 45 minūtes. Testu glabāšanas režīms istabas temperatūrā.
